Ο ανθρώπινος οργανισμός φιλοξενεί πλήθος μικροοργανισμών, όπως βακτήρια, που βρίσκονται σε επιφάνειες του σώματος όπως το δέρμα, οι βλεννογόνοι και ο γαστρεντερικός σωλήνας.
Η συνολική κοινότητα αυτών των μικροοργανισμών, γνωστή ως μικροβίωμα αποτελεί ένα δυναμικό οικοσύστημα που αλληλεπιδρά με τον οργανισμό μας.
Το έντερο φιλοξενεί μία από τις μεγαλύτερες συγκεντρώσεις βακτηρίων, με κάθε άτομο να διαθέτει περίπου 150 διαφορετικά είδη, ενώ συνολικά έχουν καταγραφεί πάνω από 1.000 είδη εντερικών βακτηρίων.
Υπό φυσιολογικές συνθήκες, το μικροβίωμα του εντέρου βρίσκεται σε ισορροπία με τον οργανισμό. Η διατήρηση αυτής της ισορροπίας εξαρτάται από παράγοντες όπως η διατροφή και ο τρόπος ζωής.